Current modules
Currently Install Module on JHPCE and JADE
----------------------- /jhpce/shared/jhpce/modulefiles ------------------------
DMFold/1.2 java/19 (D)
JADE_ROCKY9_DEFAULT_ENV jhuacg/14.0.1
JHPCE_ROCKY9_DEFAULT_ENV (L) jrt-test
JHPCE_tools/3.0 (L) julia/1.9.2 (D)
R_test/4.3.2 julia/1.10.5
afni/23.3.09 julia/1.11.1
alphafold/2.3.1 (D) kakoune/2023-08-05
alphafold/3.0.0 latex/20240117
anaconda/2023.03 (D) matlab/R2023a
anaconda/2024.10 matlab/R2023b
aws/2.12.7 matlab/R2025a (D)
azcopy/10.24.0 mpc/1.3.1
bcl2fastq/2.17.1 mpfr/4.2.0
blast/2.16.0 node/24.11
bowtie/2.5.1 ollama/0.30.8
code-server/4.112.0 python/3.9.14 (D)
conda/3-23.3.1-testing python/3.10.13
conda/3-23.3.1 python/3.11.8
conda/3-24.3.0 (D) python/3.12.12
cuda/12.1.1 python/3.13.4
dcmtk/3.6.7 python/3.14.6
encfs/1.9.5 python2/2.7.9 (D)
ffmpeg/6.0 python2/2.7.18
freesurfer/7.4.1 rclone/1.69.1
fresh/0.1.55 reportseff/2.3.2
fsl/6.0.6.5 rstudio/2023.06.1
gcc/9.5.0 rstudio/2024.04.2 (D)
gcc/13.1.0 (D) rstudio/2025.05.1
gdal/3.6.0 ruby/3.1.2
gh/2.46.0 rust/1.76.0
ghostscript/10.02.1 sas/9.0
glpk/5.0 sas/9.4 (D)
gmp/6.2.1 shapeit/5.1.1
go/20.6 (D) singularity/3.11.4
go/22.1 sra-toolkit/3.1.1
go/23.1 stata/17
go/26.1 tesseract/5.5.1
gurobi/11.0.3 tex/20240117
gurobi/12.0.3 (D) texstudio/4.8.7
helix/23.10.0 wine/7.11
--------------------- /jhpce/shared/community/modulefiles ----------------------
R/4.3 conda_R/test conda_R/4.4.x conda_R/4.5
bedtools/2.31.0 conda_R/4.3.x conda_R/4.4 (D)
conda_R/devel conda_R/4.3 conda_R/4.5.x
------------------------ /jhpce/shared/libd/modulefiles ------------------------
PRSice/2.2.13 nda-tools/0.3.0
Salmon/1.2.1 nda-tools/0.5.0
Salmon/1.10.1 (D) nda-tools/0.6.0
arioc/1.52 nda-tools/0.7.0 (D)
aws/2.28 (D) nextflow/20.01.0
bamtofastq/1.4.1 nextflow/22.10.7
bcftools/1.10.2 nextflow/23.10.0
bcftools/1.18 (D) nextflow/24.10.5 (D)
bfg/1.13.0 paste/1.3.0
bin2cell/0.3.0 plink/1.90b
bismark/0.23.0 plink/2.00a4.6 (D)
bs/1.3.0 plink2/2.0
bustools/0.39.3 qctool/2.2.5
cell2location/0.1.3 qtl_gtex/dae3369
cell2location/0.8a0 (D) r_nac/1.0
cellpose/2.0 regtools/0.5.33g
cellpose/2.2.2 (D) resept/1.0.0
cellprofiler/4.2.6 rmate/1.5.10
cellranger-atac/2.1.0 rseqc/3.0.1
cellranger/7.0.0 ruby/3.2.2 (D)
cellranger/7.2.0 rust/1.95.0 (D)
cellranger/8.0.1 samblaster/0.1.26
cellranger/9.0.0 samtools/1.10
cellranger/9.0.1 samtools/1.18 (D)
cellranger/10.0.0 (D) samui/1.0.0-next.24
cellranger_arc/2.0.2 samui/1.0.0-next.45
cibersortx/04_04_2020 samui/1.0.0-next.49
dissect/dc45940c samui/1.0.1 (D)
fastqc/0.11.8 spaceranger/2.1.0
fastqc/0.12.1 (D) spaceranger/3.0.0
ficture/dev_a455e5c spaceranger/3.1.1
ficture/0.0.3.1 (D) spaceranger/3.1.2
fusion_twas/github spaceranger/3.1.3
gatk/4.5.0.0 spaceranger/4.0.1
gffread/github spaceranger/4.1.0 (D)
gffread/0.12.7 (D) spagcn/1.2.0
git-lfs/3.4.0 spatula/f0e9936
git-status-size/github spatula/1.0.0
graphst/da29b75 spatula/7fe7171 (D)
harmony2/2.0.1 stalign/1.0.1
hergast/0.0.1 star/2.7.8a
hipstr/0.7 subread/2.0.0
hisat2/2.2.1 synapse/2.7.2
htslib/1.10.2 synapse/3.1.1 (D)
htslib/1.18 (D) tangram/1.0.4
java/17 tensorqtl/1.0.8
java/18 trimgalore/0.6.6
kallisto/0.46.1 trimmomatic/0.39
ldsc/1.0.1 vampire/3.4.4
leafcutter/0.2.9 vcftools/0.1.16
liana_plus/1.5.1 visium_hd/1.0
liana_plus/1.7.1 (D) wiggletools/1.2.1
liftover/1.0 wigtobigwig/2.9
magma/1.10 xeniumranger/1.7.1
methyldackel/0.5.2 xeniumranger/2.0.0
methylpy/1.4.3 xeniumranger/3.1.1
nda-tools/0.2.27 xeniumranger/4.0.0 (D)
Where:
D: Default Module
L: Module is loaded
If the avail list is too long consider trying:
"module --default avail" or "ml -d av" to just list the default modules.
"module overview" or "ml ov" to display the number of modules for each name.
Use "module spider" to find all possible modules and extensions.
Use "module keyword key1 key2 ..." to search for all possible modules matching
any of the "keys".
Updated: Wed Jul 15 05:30:02 AM EDT 2026