Current modules
Currently Install Module on JHPCE and JADE
----------------------- /jhpce/shared/jhpce/modulefiles ------------------------
DMFold/1.2 jhuacg/14.0.1
JADE_ROCKY9_DEFAULT_ENV jrt-test
JHPCE_ROCKY9_DEFAULT_ENV (L) julia/1.9.2 (D)
JHPCE_tools/3.0 (L) julia/1.10.5
R_test/4.3.2 julia/1.11.1
afni/23.3.09 kakoune/2023-08-05
alphafold/2.3.1 (D) latex/20240117
alphafold/3.0.0 matlab/R2023a
anaconda/2023.03 (D) matlab/R2023b
anaconda/2024.10 matlab/R2025a (D)
apptainer/1.5.3 mpc/1.3.1
aws/2.12.7 mpfr/4.2.0
azcopy/10.24.0 node/24.11
bcl2fastq/2.17.1 ollama/0.30.8
blast/2.16.0 python/3.9.14 (D)
bowtie/2.5.1 python/3.10.13
code-server/4.112.0 python/3.11.8
conda/3-23.3.1-testing python/3.12.12
conda/3-23.3.1 python/3.13.4
conda/3-24.3.0 (D) python/3.14.6
cuda/12.1.1 python2/2.7.9 (D)
dcmtk/3.6.7 python2/2.7.18
encfs/1.9.5 quarto/1.10.18
ffmpeg/6.0 rclone/1.69.1
freesurfer/7.4.1 reportseff/2.3.2
fresh/0.1.55 rstudio/2023.06.1
fsl/6.0.6.5 rstudio/2024.04.2 (D)
gcc/9.5.0 rstudio/2025.05.1
gcc/13.1.0 (D) rstudio/2026.08.2
gdal/3.6.0 ruby/3.1.2
gh/2.46.0 rust/1.76.0
ghostscript/10.02.1 sas/9.0
glpk/5.0 sas/9.4 (D)
gmp/6.2.1 shapeit/5.1.1
go/20.6 (D) singularity/3.11.4 (D)
go/22.1 singularity/4.5.1
go/23.1 sra-toolkit/3.1.1
go/26.1 stata/17
gurobi/11.0.3 tesseract/5.5.1
gurobi/12.0.3 (D) tex/20240117
helix/23.10.0 texstudio/4.8.7
java/19 (D) wine/7.11
--------------------- /jhpce/shared/community/modulefiles ----------------------
R/4.3 conda_R/test conda_R/4.4.x conda_R/4.5
bedtools/2.31.0 conda_R/4.3.x conda_R/4.4 (D) conda_R/4.6.x
conda_R/devel conda_R/4.3 conda_R/4.5.x conda_R/4.6
------------------------ /jhpce/shared/libd/modulefiles ------------------------
PRSice/2.2.13 nda-tools/0.3.0
Salmon/1.2.1 nda-tools/0.5.0
Salmon/1.10.1 (D) nda-tools/0.6.0
arioc/1.52 nda-tools/0.7.0 (D)
aws/2.28 (D) nextflow/20.01.0
bamtofastq/1.4.1 nextflow/22.10.7
bcftools/1.10.2 nextflow/23.10.0
bcftools/1.18 (D) nextflow/24.10.5 (D)
bfg/1.13.0 paste/1.3.0
bin2cell/0.3.0 pdtcli/1.4.10
bismark/0.23.0 plink/1.90b
bs/1.3.0 plink/2.00a4.6 (D)
bustools/0.39.3 plink2/2.0
cell2location/0.1.3 qctool/2.2.5
cell2location/0.8a0 (D) qtl_gtex/dae3369
cellpose/2.0 r_nac/1.0
cellpose/2.2.2 (D) regtools/0.5.33g
cellprofiler/4.2.6 resept/1.0.0
cellranger-atac/2.1.0 rmate/1.5.10
cellranger/7.0.0 rseqc/3.0.1
cellranger/7.2.0 ruby/3.2.2 (D)
cellranger/8.0.1 rust/1.95.0 (D)
cellranger/9.0.0 samblaster/0.1.26
cellranger/9.0.1 samtools/1.10
cellranger/10.0.0 samtools/1.18 (D)
cellranger/10.1.0 (D) samui/1.0.0-next.24
cellranger_arc/2.0.2 samui/1.0.0-next.45
cellranger_arc/2.2.0 (D) samui/1.0.0-next.49
cibersortx/04_04_2020 samui/1.0.1
dissect/dc45940c samui/1.1.0 (D)
fastqc/0.11.8 spaceranger/2.1.0
fastqc/0.12.1 (D) spaceranger/3.0.0
ficture/dev_a455e5c spaceranger/3.1.1
ficture/0.0.3.1 (D) spaceranger/3.1.2
fusion_twas/github spaceranger/3.1.3
gatk/4.5.0.0 spaceranger/4.0.1
gffread/github spaceranger/4.1.0 (D)
gffread/0.12.7 (D) spagcn/1.2.0
git-lfs/3.4.0 spatula/f0e9936
git-status-size/github spatula/1.0.0
graphst/da29b75 spatula/7fe7171 (D)
harmony2/2.0.1 stalign/1.0.1
hergast/0.0.1 star/2.7.8a
hipstr/0.7 subread/2.0.0
hisat2/2.2.1 synapse/2.7.2
htslib/1.10.2 synapse/3.1.1 (D)
htslib/1.18 (D) tangram/1.0.4
java/17 tensorqtl/1.0.8
java/18 trimgalore/0.6.6
kallisto/0.46.1 trimmomatic/0.39
ldsc/1.0.1 vampire/3.4.4
leafcutter/0.2.9 vcftools/0.1.16
liana_plus/1.5.1 visium_hd/1.0
liana_plus/1.7.1 (D) wiggletools/1.2.1
liftover/1.0 wigtobigwig/2.9
magma/1.10 xeniumranger/1.7.1
methyldackel/0.5.2 xeniumranger/2.0.0
methylpy/1.4.3 xeniumranger/3.1.1
nda-tools/0.2.27 xeniumranger/4.0.0 (D)
Where:
D: Default Module
L: Module is loaded
If the avail list is too long consider trying:
"module --default avail" or "ml -d av" to just list the default modules.
"module overview" or "ml ov" to display the number of modules for each name.
Use "module spider" to find all possible modules and extensions.
Use "module keyword key1 key2 ..." to search for all possible modules matching
any of the "keys".
Updated: Thu Sep 24 05:30:02 AM EDT 2026